A estrutura orgânica dos serviços da ANMP tem por objetivo a conceção, execução e coordenação de apoio técnico, administrativo e político aos órgãos sociais respetivos, nos domínios do planeamento, conceção, organização, gestão, avaliação e controlo.

Cabe à estrutura orgânica dos serviços desenvolver toda a atividade de apoio aos órgãos associativos, adequada à realização das atribuições da ANMP, estando a sua direção operacional a cargo do Secretário-geral.

Para a prossecução das suas atividades a ANMP dispõe das seguintes unidades orgânicas:
:: Secretário-Geral;
:: Gabinete de Apoio ao Secretário-Geral;
:: Secretário Geral Adjunto;
:: Assessoria de Comunicação e Imagem;
:: Gabinete de Ambiente, Ordenamento e Gestão de Recursos Humanos;
:: Gabinete de Financiamento Local;
:: Gabinete Jurídico,  da Descentralização e Área Local;
:: Gabinete de Informática e Digitalização;
:: Gabinete de Relações Internacionais, Secções e Eventos